Eine Flaggschiffart ist eine Art, deren Schutz sich besonders lohnt, da durch die Schutzmaßnahmen für diese Art auch andere Arten oder ganze Lebensräume profitieren. Oftmals sind es charismatische Arten, welche in der Bevölkerung beliebt sind. Diese Beliebtheit vereinfacht es auch, Mittel für die Schutzmaßnahmen zu finden. Der Begriff kommt aus dem Englischen (flagship species). Der Begriff kommt aus der Kriegsmarine, wo als Flaggschiff das Führungsschiff bezeichnet, von dem aus der Admiral den Verband leitet, und das deshalb die Flagge des Befehlshabers führt.
Das wohl bekannteste Beispiel für eine Flaggschiffart ist der Riesenpanda (Ailuropoda melanoleuca), der vom WWF als Logo gewählt wurde.
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